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정부는 2026년 9월 29일(화) 개최된 제42회 국무회의에서 「소득세법 시행령」, 「법인세법 시행령」, 「종합부동산세법 시행령」 및 「상속세 및 증여세법 시행령」 일부개정령안을 심의·의결했습니다. 이번 시행령 개정안은 지난 8월 3일 발표된 「2026년 세제개편안」의 후속 조치로, 2026년 10월 1일(목) 공포·시행될 예정입니다.

첫째, 조정대상지역 내 일시적 2주택 특례기간이 단축됩니다. 조정대상지역 내 주택 보유자가 조정대상지역 내 주택을 신규 취득해 일시적 2주택자가 된 경우 현재는 3년간 양도소득세·종합부동산세 1세대 1주택 특례(양도가액 12억원 이하분 비과세, 장기보유특별공제 최대 80% 등)를 적용받고 있으나, 앞으로는 특례 적용기간이 3년에서 2년으로 단축됩니다. 양도세는 2026년 8월 4일 이후 신규 취득하고 시행일(10월 1일) 이후 종전주택을 양도하는 분부터, 종부세는 2026년 8월 4일 이후 신규 취득하고 2027년 6월 1일 기준으로 적용됩니다. 둘째, 조정대상지역 매입임대 아파트에 대한 양도세 중과배제·법인세 추가과세 배제 혜택에 적용기한이 신설됩니다. 현재는 매입임대주택 등록말소 후에도 혜택이 영구히 적용되고 있으나, 앞으로는 원칙적으로 2027년 12월 31일까지 양도하는 분까지만 기존 특례가 유지되며, 의무임대기간이 남아있거나 재건축·재개발이 진행 중인 경우 등은 등록말소일 또는 이전고시일부터 1년 등 별도 기한이 적용됩니다. 다만 매입임대 아파트를 보유한 임대사업자의 "거주주택"에 대한 1세대 1주택 특례는 등록말소일부터 5년간 현행대로 유지됩니다.

셋째, 상생임대주택에 대한 거주요건 면제 특례가 조정됩니다. 현재는 2년간 상생임대(임대료 증가율 5% 이내)를 하면 양도소득세 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제 우대(최대 80%)에 필요한 2년 거주요건을 면제해 주고 있는데, 당초 예정된 적용기한인 2026년 12월 31일에 따라 특례가 종료됩니다. 다만 2026년 12월 31일 이전에 상생임대차계약 임대기간이 종료된 경우에는 2027년 12월 31일까지, 즉 상생임대 종료 후 1년 내 양도하는 주택까지는 거주요건 면제가 적용됩니다. 넷째, 비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 세제지원 적용기한이 1년 연장(~2027년 12월 31일)됩니다. 비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 종합부동산세 합산배제 및 양도소득세 계산 시 주택 수 제외 특례, 그리고 기업구조조정 부동산투자회사(CR리츠)가 취득한 비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 종합부동산세 합산배제·법인세 추가과세 배제 특례가 모두 연장 대상입니다.

다섯째, 한미전략투자공사에 설치된 한미전략투자기금이 증여세 비과세 단체에 추가되어, 동 기금에 출연하는 금액에 대해 증여세가 비과세됩니다. 세부 내용에 대한 문의는 044-215- 내선번호(소득세법 시행령·법인세법 시행령 4312, 종합부동산세법 시행령 4362, 상속세 및 증여세법 시행령 4314)로 가능합니다.

[출처: 이택스코리아(etaxkorea.net), 재정경제부 2026.09.29]